La Colección «NUEVA ROMA. Bibliotheca graeca et latina Aevi Posterioris» está integrada por un amplio repertorio de estudios y textos griegos y latinos medievales y humanísticos en el que, desde un enfoque interdisciplinar y transcultural partiendo de métodos y saberes, no por tradicionales menos innovadores, convergen Filología e Historia con el fin de demostrar la vigencia de las Humanidades.

«Anejos de Emerita» es una de las más veteranas colecciones del CSIC, ya que viene publicando desde los años 40 del pasado siglo todo tipo de estudios relacionados con la Filología Clásica, la lingüística indoeuropea y las lenguas prerromanas, campos propios de la revista Emerita, que es la decana de las revistas españolas de Filología Clásica.

La Colección «Estudios Árabes e Islámicos» está dedicada a la publicación de estudios sobre las sociedades y las culturas árabo-islámicas desde la Edad Media hasta nuestros días.

Biblioteca del Próximo Oriente Antiguo (BPOA) es una colección de monografías revisadas por pares y doble ciego, dedicadas al estudio de la historia, la cultura, la literatura, el arte y la arqueología del Próximo Oriente Antiguo, desde las primeras civilizaciones hasta la Antigüedad tardía.

La colección «Anejos del Diccionario Griego-Español» publica tanto léxicos especializados como estudios e instrumentos bibliográficos sobre léxico griego, en general nacidos en el entorno del DGE.

La Colección «Alma Mater de autores griegos y latinos» es única en España en su género. Presenta ediciones bilingües con edición crítica original del texto griego o latino y su traducción española, con notas de traducción, en páginas enfrentadas. Sus autores cuentan entre los más importantes filólogos españoles. Cada original es, a su vez, revisado por otro colega helenista o latinista.